Semestre 5

GEOMATIQUE

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Objectif : Acquérir les connaissances fondamentales et les compétences méthodologiques en analyse de l’information géographique, analyse spatiale et communication à des fins de conduite et de gestion de projets d’écologie appliquée, en particulier aux échelles locales.
Contenu :

Cours :

Géodésie et bases sur les systèmes de coordonnées : Géoïde, éllipsoïdes terrestres, système de référence géodésique, systèmes de coordonnées terrestres, coordonnées planes.

Systèmes de projection et constitution du fond de carte : Projection cartographique, différents types de projection, les systèmes de projection utilisés en France, Echelle.

Principes de base de la cartographie : Définition et classification des cartes, Sémiologie et langage cartographique, Localisation et implantation, Variables visuelles du langage cartograophique, Cartographier les informations, Traitement statistique de l’information géographique, Cartes d’analyse, Habillage, Règles graphiques de présentation.

SIG ; Outil  Métier, Outil Recherche : Cahier des charges, Nomenclatures, Métadonnées, Tables de terrain, Organisation du travail et des données.

TP/TD :

Prise en main de QGIS : Projections, Vecteurs, Rasters, OpenLayers, Connexions WMS/WFS . Analyse thématique, symbolisation des données, modifier l’apparence d’une couche . Mise en page dans QGIS . Eléments pour construire un SIG : Intégration de données externes, Structure des couches . Analyse spatiale

Traitement géométrique et statistique de l’information géographique : Carroyage, Krigeage . Analyse et traitement statistique de données thématiques : Cartographie des résidus, Discrétisation

Compétences : Compétences de l’écologiste de terrain : Acquisition, stockage, gestion, traitement, analyse, interprétation et diffusion de l’information géographique. Représentation des données et des informations géoréférencées, de nature qualitative ou quantitative, à des fins de facilitation de leur compréhension et utilisation comme instrument d’aide à la décision en matière de gestion des milieux naturels et des territoires.

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Responsable de l’UE : Mathias Burguete,   mathias.burguete@cneap.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

• Boureau J.G., 2008, Manuel d’interprétation des photographies aériennes infrarouges. Application aux milieux forestiers et naturels. Editions Inventaire Forestier National, 267p
• ENSG, IGN, 1999, Cartographie, Sémiologie graphique et conception cartographique. Volume 1, 140p.
• Poidevin D., 1999, La carte moyen d’action, guide pratique pour la conception et la réalisation de cartes. Editions Ellipses, 200p.
• http://www.certu-catalogue.fr/information-geographique.html
• https://geocarrefour.revues.org/
• http://www.crige-paca.org/publications.html

SYSTEMATIQUE EVOLUTION DES VEGETAUX 

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Objectif : Acquérir des connaissances sur l’histoire évolutive des végétaux. Appréhender la diversité du monde végétal. Acquérir des connaissances sur les principes et les méthodes de la systématique végétale. Acquérir des connaissances sur la classification actuelle des Embryophytes.

Contenu :

• Importance et intérêts (applications) de la systématique.
• Grandes lignes de l’évolution du monde végétal et place des grands groupes végétaux.
• Méthodes et principes de la systématique :
  • caractères taxonomiques
  • espèces et spéciation
  • construction d’une phylogénie et d’une classification
  • nomenclature botanique
  • établissement d’une clé d’identification…
• Classification phylogénétique des Embryophytes :
  • les « Bryophytes » (Marchantiophytes, Anthocérophytes, Bryales, Sphagnales)
  • les Trachéophytes ou plantes vasculaires :
    • les « Ptéridophytes » ou Trachéophytes à spores
    • les Spermatophytes et les Spermaphytes ou plantes à graines :
      • les « Gymnospermes » (Pinophytes)
      • les Angiospermes (Magnoliophytes)
• Analyses de la flore et de la végétation : méthodes qualitatives (approche phytogéographique) et méthodes quantitatives (approche phytosociologique) : inventaires, relevés phytosociologiques, AFC, détermination des habitats (nomenclature CORINE et EUNIS, Prodrome des végétations de France…).

Compétences : A l’issue de cet enseignement, les étudiants doivent être capables d’appliquer des concepts et des méthodes de la systématique végétale à des problèmes de biologie et d’écologie concernant l’étude de la biodiversité, l’analyse de la végétation et la gestion des habitats.

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Responsable de l’UE : Emmanuel Desaegher,   emmanuel.desaegher@cneap.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

• LECOINTRE, H. LE GUYADER. Classification phylogénétique du vivant. Belin, 2013, 560 p.
• S. JUDD, C.S. CAMPBELL, E.A. KELLOGG, P. STEVENS. Botanique systématique, une perspective phylogénétique. De Boeck Université, 2002, 467 p.
• RAYNALES-ROQUES. La botanique redécouverte. Belin, 2008, 512 p.
• Conservatoires botaniques nationaux
• MNHN INPN
• Tela Botanica

SYSTEMATIQUE EVOLUTION DES ANIMAUX

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Objectif : Comprendre les principales forces affectant l’évolution du vivant et l’origine de la diversité Terrestre. Remettre certaines observations biologiques/écologiques dans un contexte évolutif afin d’en comprendre le « sens ». Illustrer en quoi et comment les analyses phylogénétiques peuvent être utilisées en biologie de la conservation.
Contenu :

1- Sélection Naturelle et Adaptation

Concepts, terminologie et mécanismes de base.

2- Espèces et Spéciation

Importance du concept d’espèce en biologie de la conservation.

Isolement reproducteur et modalités de spéciation.

Principaux facteurs affectant la biodiversité Terrestre.

3- Classification et Phylogénie

Utilisation en biologie de la conservation : – Identification d’espèces à conserver, – Utilisation de données phylogénétiques pour prédire l’évolution d’espèces (ré)introduites, – Détermination de données biologiques/écologiques chez une espèce ‘inconnue’ à partir de données phylogénétiques, etc.

4- Thématiques contemporaines

Petit tour d’horizon (succinct) des travaux menés en macro-écologie, phylobiogéographie, écologie des communautés, etc. pour parfaire sa culture générale et ne pas être effrayé par ces domaines.

Compétences :

– Compréhension des principes généraux en biologie évolutive.

– Capacité à discuter d’un sujet de biologie évolutive à l’aide d’un vocabulaire adapté.

– Connaissances de base de l’utilisation des données phylogénétiques dans un contexte de biologie de la conservation.

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Responsable de l’UE : Matthias Vignon,   05 59 57 44 48,  matthias.vignon@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

• Biologie évolutive (2010). F. Thomas et al. De Boeck (814 p.)
• Guide critique de l’évolution (2009). G. Lecointre et al. Belin (571 p.)
• Biodiversité et évolution du monde vivant (2013). D. Garon et al. EDP Sciences (204 p.)

BIOSTATISTIQUES

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Objectif : Introduire et développer les outils statistiques pour l’analyse de données biologiques et leur modélisation.

Contenu : Plans d’expérimentation et d’échantillonnage, indépendance des données.

Manipuler un jeu de données : tri, calcul de nouvelles variables, sous-parties d’un jeu de données.

Statistique descriptive pour des échantillons uni- et bivariés : Représentations graphiques, paramètres de tendance centrale et de dispersion, tableaux de contingence.

Estimation ponctuelle et par intervalle de confiance de paramètres.

Principe des tests statistiques

Comparaison d’un paramètre observé à une valeur théorique

Comparaison de plusieurs échantillons (moyenne, variance, proportions) pour des données indépendantes ou appariées (tests de comparaison, analyse de variance à un et à deux facteurs).

Corrélation et régression linéaire simple et multiple.

Analyse en Composantes Principales et Analyse en Composante Factorielle.

Compétences :

Mettre au point un protocole d’échantillonnage ou expérimental adapté pour répondre à une question biologique.

À partir d’un jeu de données, choisir une méthode adaptée pour répondre à une question biologique uni-, bi- ou multivariée, la mettre en œuvre avec un logiciel adapté et communiquer correctement le résultat.

Intégrer l’analyse statistique à la rédaction d’un rapport (méthodes, résultats, discussion).

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Responsable de l’UE : Charlotte Récapet,   05 59 57 42 66,  charlotte.recapet@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

• Motulsky, Harvey J.  Biostatistique : une approche intuitive  .  2e édition. Paris : De Boeck, DL 2013, cop. 2013. 1 vol. (XIII-492 p.). ISBN 978-2-8041-6376-1
• Rousson, Valentin.  Statistique appliquée aux sciences de la vie  . Paris : Springer, DL 2013, cop. 2013. 1 vol. (XII-320 p.). ISBN 978-2-8178-0393-7
• Balan, Raluca ; Lamothe, Gilles.  Une introduction à la biostatistique : Prévoir l’imprévisible  . Québec, Canada : Presses de l’Université du Québec, 2012. 292 p. ISBN I978-2-7605-3489-6

DYNAMIQUE DES POPULATIONS ET DES ECOSYSTEMES

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Objectif : Comprendre le fonctionnement des modèles simples de dynamique des populations, et leur intérêt dans la description et la gestion des populations et des écosystèmes.
Contenu :

1. Les techniques d’estimation d’effectif de population (indices d’abondance, densité, CMR…)
2. Croissance illimitée : le modèle exponentiel
3. Limitation par les ressources : le modèle logistique
4. Structure en âge : le modèle matriciel
5. Interactions biologique : le modèle de Lotka-Volterra

Les TD portent sur l’application des modèles théoriques dans des contextes de gestion de population (conservation, lutte biologique…).

Compétences : A l’issue de cet enseignement, les étudiants doivent avoir suffisament compris les modèles existants pour les appliquer, voire les modifier pour les adapter à des situations concrètes relevant de la gestion des espèces et des habitats.

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Responsable de l’UE : Cédric Tentelier,   05 59 57 44 47,  cedric.tentelier@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

Barbault, Robert.  Écologie générale : structure et fonctionnement de la biosphère  .  6e édition. Paris : Dunod, impr. 2008, cop. 2008. 1 vol. (X-390 p.). ISBN 978-2-10-051931-6

Gotelli, Nicholas J.  A primer of ecology  .  4th ed. Sunderland (M.A.) : Sinauer Associates, cop. 2008. 1 vol. (xx-291 p.). ISBN 978-0-87893-318-1

BIOLOGIE EXPERIMENTALE

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Objectif : Former les étudiants aux différentes phases de la démarche expérimentale : poser une question scientifique, établir un protocole approprié, exécuter les expérimentations, interpréter les résultats. Les étudiants doivent également assimiler les méthodes d’analyse de la variabilité génétique des génomes et de leur expression.
Contenu : Après avoir assimilé les consignes et les méthodes de travail, chaque étudiant doit identifier et expliciter une question de recherche, justifier l’intérêt de cette question en s’appuyant sur une étude bibliographique, puis mettre au point un protocole pour y répondre et en tester la faisabilité.
Rappels de génétique moléculaire : organisation et expression génique ; marqueurs moléculaires et leurs applications (diagnostic, génotypage, systématique, phylogénie, …).

Rappels de génétique des populations : Sélection, mutation, dérive génétique, migration, fréquence et richesse alléliques, hétérozygotie …

Dans la partie purement pratique, l’étudiant met en œuvre l’ensemble des méthodes permettant de révéler la biodiversité génétique d’une communauté et la structure génétique d’une population (en salle informatique).

Compétences : Maîtrise des différentes phases de la démarche expérimentale. Maîtriser les différents champs d’application des méthodes d’analyse de la diversité génétique.

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Responsable de l’UE : Cédric Tentelier,   05 59 57 44 47,  cedric.tentelier@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

La métagénomique : développements et futures applications  . Versailles : Éd. Quae, impr. 2015, cop. 2015. 1 vol. (116 p.). ISBN 978-2-7592-2293-3

Hartl, Daniel L.  Génétique des populations  . Paris : Flammarion médecine-sciences, 1994. 1 vol. (XIV-305 p.). ISBN 2-257-15024-4

ANGLAIS COMMUNICATION

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Objectif : Renforcement des compétences langagières en production orale et écrite. Rédaction de CV et de lettres de motivation.

Contenu :  Prise de parole et compréhension du discours en anglais de spécialité. Rédaction et compréhension de textes en anglais de spécialité.

Compétences : Expression écrite et orale en anglais de spécialité, compréhension d’articles scientifiques, réalisation d’exposés, rédaction de rapports.

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Responsable de l’UE : Tara WARDEN, 05 59 57 44 58,   tara.warden@univ-pau.fr