PEDOLOGIE


Code Apogée : SPVBPE5U

ECTS : 4

Coefficient : 1

Cours : 18 h

Travaux Dirigés : 6 h

Travaux Pratiques : 15 h

Modalités d’évaluation : 

  • Session 1 : CC 30%, Examen écrit 70%
  • Session 2 : Examen oral

Objectif : Acquérir les connaissances fondamentales et les compétences méthodologiques indispensables en matière de pédologie. Appréhender le sol comme un système organisé, vivant et dynamique, dont la compréhension est indispensable à toute utilisation soutenue réversible et respectueuse de l’environnement. Acquérir des savoirs pratiques sur les principaux aspects de l’écologie appliquée du sol afin d’être capable de caractériser le milieu physique et de comprendre le spécialiste.
Contenu :

  • Connaissances fondamentales relatives aux sciences des sols :–     Origine et composition des sols : relations géologie-relief-sols ; processus de dégradation du matériel parental ; constituants des sols (matières organiques et minérales, en particulier argiles et humus) ;-     Principaux caractères des sols : propriétés physiques, chimiques et biologiques (texture, structure, propriétés hydriques, phénomènes de sorption et d’échange, fonctionnement biologique…) ;-     Biodiversité des sols (zoocénose, phytocénose et mycocénose des sols…) ;-     Evolution et classification des sols : solums, horizons et couvertures pédologiques ; pédogénèse (facteurs, processus, caractères) ;-     Fonctions et usages des sols ; menaces et solutions : risques d’érosion et de des sols liés à certaines pratiques (méthodes culturales).
  • Approches pratiques (pédologie appliquée) :–     Etude et interprétation des sols à partir des outils cartographiques (cartes géologiques, géomorphologiques et pédologiques). Confrontation des résultats avec les formations végétales en place.-     Pédologie de terrain : observations de solums (à partir de carrotages et de fosses pédologiques), étude de toposéquences (couvertures pédologiques).Appréciation de la biodiversité des sols. Extraction, comptage et détermination : matériel et méthodes.

Compétences : Compréhension de la structure et de la dynamique d’un sol pour une gestion durable des écosystèmes et pour promouvoir des modes de gestion et d’exploitation s’inscrivant dans une optique de développement durable. Compréhension du fonctionnement biologique du sol, de ses propriétés environnementales et agronomiques. Maitrise des savoirs pratiques sur les principaux aspects de l’écologie appliquée du sol.


Responsable de l’UE : Emmanuel Desaegher,   emmanuel.desaegher@cneap.fr


Biblio-/Webo- graphie :

  • P. DUCHAUFOUR. Introduction à la science du sol. Dunod, 2001, 331 p.
  • D. BAIZE, B. JABIOL. Guide pour la description des sols. Editions Quae, 2011, 429 p.
  • J.M. GOBAT, M. ARAGNO, W. MATTHEY. Le sol vivant, Bases de pédologie, Biologie des sols. Presses Polytechniques et Universitaires romandes, 2010, 817 p.
  • Association française pour l’étude des sols
  • CNRS Sol et biodiversité

GEOMATIQUE


Code Apogée : SPVBGE5U

ECTS : 4

Coefficient : 1

Cours : 0 h

Travaux Dirigés : 39 h

Travaux Pratiques : 0 h

Modalités d’évaluation : 

  • Session 1 : Examen écrit
  • Session 2 : Examen oral

Objectif : Acquérir les connaissances fondamentales et les compétences méthodologiques en analyse de l’information géographique, analyse spatiale et communication à des fins de conduite et de gestion de projets d’écologie appliquée, en particulier aux échelles locales.
Contenu :

Cours :

Géodésie et bases sur les systèmes de coordonnées : Géoïde, éllipsoïdes terrestres, système de référence géodésique, systèmes de coordonnées terrestres, coordonnées planes.

Systèmes de projection et constitution du fond de carte : Projection cartographique, différents types de projection, les systèmes de projection utilisés en France, Echelle.

Principes de base de la cartographie : Définition et classification des cartes, Sémiologie et langage cartographique, Localisation et implantation, Variables visuelles du langage cartograophique, Cartographier les informations, Traitement statistique de l’information géographique, Cartes d’analyse, Habillage, Règles graphiques de présentation.

SIG ; Outil  Métier, Outil Recherche : Cahier des charges, Nomenclatures, Métadonnées, Tables de terrain, Organisation du travail et des données.

TP/TD :

Prise en main de QGIS : Projections, Vecteurs, Rasters, OpenLayers, Connexions WMS/WFS . Analyse thématique, symbolisation des données, modifier l’apparence d’une couche . Mise en page dans QGIS . Eléments pour construire un SIG : Intégration de données externes, Structure des couches . Analyse spatiale

Traitement géométrique et statistique de l’information géographique : Carroyage, Krigeage . Analyse et traitement statistique de données thématiques : Cartographie des résidus, Discrétisation

Compétences : Compétences de l’écologiste de terrain : Acquisition, stockage, gestion, traitement, analyse, interprétation et diffusion de l’information géographique. Représentation des données et des informations géoréférencées, de nature qualitative ou quantitative, à des fins de facilitation de leur compréhension et utilisation comme instrument d’aide à la décision en matière de gestion des milieux naturels et des territoires.


Responsable de l’UE : Didier Fasensieux,   didier.fasensieux@cneap.fr


Biblio-/Webo- graphie :

SYSTEMATIQUE EVOLUTION DES VEGETAUX 


Code Apogée : SPVBSV5U

ECTS : 4

Coefficient : 1

Cours : 23 h

Travaux Dirigés : 0 h

Travaux Pratiques : 16 h

Modalités d’évaluation : 

  • Session 1 : CC 30%, Examen écrit 70%
  • Session 2 : Examen oral

Objectif : Acquérir des connaissances sur l’histoire évolutive des végétaux. Appréhender la diversité du monde végétal. Acquérir des connaissances sur les principes et les méthodes de la systématique végétale. Acquérir des connaissances sur la classification actuelle des Embryophytes.

Contenu :

  • Importance et intérêts (applications) de la systématique.
  • Grandes lignes de l’évolution du monde végétal et place des grands groupes végétaux.
  • Méthodes et principes de la systématique :
    • caractères taxonomiques
    • espèces et spéciation
    • construction d’une phylogénie et d’une classification
    • nomenclature botanique
    • établissement d’une clé d’identification…
  • Classification phylogénétique des Embryophytes :
    • les « Bryophytes » (Marchantiophytes, Anthocérophytes, Bryales, Sphagnales)
    • les Trachéophytes ou plantes vasculaires :
      • les « Ptéridophytes » ou Trachéophytes à spores
      • les Spermatophytes et les Spermaphytes ou plantes à graines :
        • les « Gymnospermes » (Pinophytes)
        • les Angiospermes (Magnoliophytes)
  • Analyses de la flore et de la végétation : méthodes qualitatives (approche phytogéographique) et méthodes quantitatives (approche phytosociologique) : inventaires, relevés phytosociologiques, AFC, détermination des habitats (nomenclature CORINE et EUNIS, Prodrome des végétations de France…).

Compétences : A l’issue de cet enseignement, les étudiants doivent être capables d’appliquer des concepts et des méthodes de la systématique végétale à des problèmes de biologie et d’écologie concernant l’étude de la biodiversité, l’analyse de la végétation et la gestion des habitats.


Responsable de l’UE : Emmanuel Desaegher,   emmanuel.desaegher@cneap.fr


Biblio-/Webo- graphie :

  • LECOINTRE, H. LE GUYADER. Classification phylogénétique du vivant. Belin, 2013, 560 p.
  • S. JUDD, C.S. CAMPBELL, E.A. KELLOGG, P. STEVENS. Botanique systématique, une perspective phylogénétique. De Boeck Université, 2002, 467 p.
  • RAYNALES-ROQUES. La botanique redécouverte. Belin, 2008, 512 p.
  • Conservatoires botaniques nationaux
  • MNHN INPN
  • Tela Botanica

SYSTEMATIQUE EVOLUTION DES ANIMAUX


Code Apogée : SPVBSA5U

ECTS : 4

Coefficient : 1

Cours : 16,5 h

Travaux Dirigés : 7,5 h

Travaux Pratiques : 15 h

Modalités d’évaluation : 

  • Session 1 : CC 30%, Examen écrit 100%
  • Session 2 : Examen oral 100%

Objectif : Comprendre les principales forces affectant l’évolution du vivant et l’origine de la diversité Terrestre. Remettre certaines observations biologiques/écologiques dans un contexte évolutif afin d’en comprendre le « sens ». Illustrer en quoi et comment les analyses phylogénétiques peuvent être utilisées en biologie de la conservation.
Contenu :

1- Sélection Naturelle et Adaptation

Concepts, terminologie et mécanismes de base.

2- Espèces et Spéciation

Importance du concept d’espèce en biologie de la conservation.

Isolement reproducteur et modalités de spéciation.

Principaux facteurs affectant la biodiversité Terrestre.

3- Classification et Phylogénie

Utilisation en biologie de la conservation : – Identification d’espèces à conserver, – Utilisation de données phylogénétiques pour prédire l’évolution d’espèces (ré)introduites, – Détermination de données biologiques/écologiques chez une espèce ‘inconnue’ à partir de données phylogénétiques, etc.

4- Thématiques contemporaines

Petit tour d’horizon (succinct) des travaux menés en macro-écologie, phylobiogéographie, écologie des communautés, etc. pour parfaire sa culture générale et ne pas être effrayé par ces domaines.

Compétences :

– Compréhension des principes généraux en biologie évolutive.

– Capacité à discuter d’un sujet de biologie évolutive à l’aide d’un vocabulaire adapté.

– Connaissances de base de l’utilisation des données phylogénétiques dans un contexte de biologie de la conservation.


Responsable de l’UE : Matthias Vignon,   05 59 57 44 48,  matthias.vignon@univ-pau.fr


Biblio-/Webo- graphie :

  • Biologie évolutive (2010). F. Thomas et al. De Boeck (814 p.)
  • Guide critique de l’évolution (2009). G. Lecointre et al. Belin (571 p.)
  • Biodiversité et évolution du monde vivant (2013). D. Garon et al. EDP Sciences (204 p.)

TRAITEMENTS STATISTIQUES DES DONNEES


Code Apogée : SPVBBS5U

ECTS : 6

Coefficient : 1,5

Cours : 24 h

Travaux Dirigés : 15 h

Travaux Pratiques : 19,5 h

Modalités d’évaluation : 

  • Session 1 : CC 15%, Examens écrits 85%
  • Session 2 : Examen oral

Objectif : Introduire et développer les outils statistiques pour l’analyse de données biologiques et leur modélisation. Exploitation informatisée des données biologiques
Contenu :

Statistique descriptive : présentation et représentation graphique, étude d’échantillons uni- et bi- variés à l’aide de paramètres de tendance centrale et de dispersion.

Outils probabilistes : analyse combinatoire, probabilité, variable aléatoire (fonctions et paramètres), distributions discrètes (Bernoulli, Binomiale et Poisson) et continues (Laplace-Gauss, Student, Khi-deux, Fisher-Snedecor).

Estimation : échantillonnage, estimateur, notion de degré de liberté, estimation ponctuelle et par intervalle de confiance de paramètres.

Tests statistiques : principe, puissance, classification, comparaison à une valeur théorique, comparaison de 2 échantillons (moyenne, variance, fréquence), test d’ajustement et test du khi-deux pour un tableau de contingence.

Modélisation: Régression linéaire simple et multiple, Analyse de variance à un facteur et à 2 facteurs.

Compétences : Maîtriser la statistique descriptive et inférentielle. Maîtriser les outils informatiques de traitement statistique des données.


Responsable de l’UE : Benoît Liquet,   05 59 57 44 19,  benoit.liquet@univ-pau.fr


Biblio-/Webo- graphie :

  • Motulsky, Harvey J.  Biostatistique : une approche intuitive  .  2e édition. Paris : De Boeck, DL 2013, cop. 2013. 1 vol. (XIII-492 p.). ISBN 978-2-8041-6376-1
  • Rousson, Valentin.  Statistique appliquée aux sciences de la vie  . Paris : Springer, DL 2013, cop. 2013. 1 vol. (XII-320 p.). ISBN 978-2-8178-0393-7
  • Balan, Raluca ; Lamothe, Gilles.  Une introduction à la biostatistique : Prévoir l’imprévisible  . Québec, Canada : Presses de l’Université du Québec, 2012. 292 p. ISBN I978-2-7605-3489-6

DYNAMIQUE DES POPULATIONS ET DES ECOSYSTEMES


Code Apogée : SPVBDY5U

ECTS : 4

Coefficient : 1

Cours : 19,5 h

Travaux Dirigés : 13,5 h

Travaux Pratiques : 6 h

Modalités d’évaluation : 

  • Session 1 : CC 30%, Examen écrit 70%
  • Session 2 : Examen oral

Objectif : Comprendre le fonctionnement des modèles simples de dynamique des populations, et leur intérêt dans la description et la gestion des populations et des écosystèmes.
Contenu :

  1. Les techniques d’estimation d’effectif de population (indices d’abondance, densité, CMR…)
  2. Croissance illimitée : le modèle exponentiel
  3. Limitation par les ressources : le modèle logistique
  4. Structure en âge : le modèle matriciel
  5. Interactions biologique : le modèle de Lotka-Volterra

Les TD portent sur l’application des modèles théoriques dans des contextes de gestion de population (conservation, lutte biologique…).

Compétences : A l’issue de cet enseignement, les étudiants doivent avoir suffisament compris les modèles existants pour les appliquer, voire les modifier pour les adapter à des situations concrètes relevant de la gestion des espèces et des habitats.


Responsable de l’UE : Cédric Tentelier,   05 59 57 44 47,  cedric.tentelier@univ-pau.fr


Biblio-/Webo- graphie :

Barbault, Robert.  Écologie générale : structure et fonctionnement de la biosphère  .  6e édition. Paris : Dunod, impr. 2008, cop. 2008. 1 vol. (X-390 p.). ISBN 978-2-10-051931-6

Gotelli, Nicholas J.  A primer of ecology  .  4th ed. Sunderland (M.A.) : Sinauer Associates, cop. 2008. 1 vol. (xx-291 p.). ISBN 978-0-87893-318-1

DROIT ET LEGISLATION DE L’ENVIRONNEMENT


Code Apogée : SPVBDR5U

ECTS : 2

Coefficient : 0,5

Cours : 0 h

Travaux Dirigés : 39 h

Travaux Pratiques : 0 h

Modalités d’évaluation : 

  • Session 1 : CC oral 100%
  • Session 2 : Examen oral

Objectif : Acquérir et raisonner les connaissances législatives et réglementaires liées à la protection de l’environnement et à l’exploitation des territoires et des écosystèmes continentaux et marins. Législation relative à la protection de la nature, de la biodiversité, du patrimoine naturel et paysager national.
Contenu :

– Législation relative à la protection de la biodiversité :

Natura 2000, conventions de Berne, Rio, Washington, Bonn, Listes rouge, détention d’animaux sauvages, loi forestière, conservation, protection, certification, gestion durable des forêts, OGM, etc.

– Législation relative à la protection du patrimoine naturel et paysager national :

Espaces inventoriés et espaces protégés au titre du patrimoine naturel et au titre du patrimoine paysager, etc.

– Environnement dispositions générales : Cadre politique, Organismes et agences, Surveillance de l’environnement, Application et contrôle du droit communautaire de l’environnement, Gestion environnementale, instruments financiers; etc.

– Les outils du développement territorial dans le cadre de l’élaboration de projets : Plan local d’urbanisme, Schéma de cohérence territorial, Trame verte et bleue, etc.

– Agriculture et environnement : Cadre général, développement durable, instruments environnementaux, etc.

– Analyse de cas concrets : Cynégétique, Zones humides, Natura 2000, mise en oeuvre des règlements et conventions…

 Compétences :

. Connaître les acteurs et décideurs en matière de réglementation sur l’environnement,

. Connaître les institutions responsables et les compétences de chacune,

. Identifier le contexte de mise en œuvre de textes,

. Connaître la terminologie propre à la réglementation dans ce domaine,

. Maîtriser les outils de recherche et de communication de l’information en la matière.


Responsable de l’UE : Didier Fasensieux,   didier.fasensieux@cneap.fr


Biblio-/Webo- graphie :

ANGLAIS COMMUNICATION


Code Apogée : SPVBAN5U

ECTS : 2

Coefficient : 0,5

Cours : 0 h

Travaux Dirigés : 39 h

Travaux Pratiques : 0 h

Modalités d’évaluation : 

  • Session 1 : CC oral 67%, Examen écrit 33%
  • Session 2 : Examen oral

Objectif : Renforcement des compétences langagières en production orale et écrite. Rédaction de CV et de lettres de motivation.

Contenu :  Prise de parole et compréhension du discours en anglais de spécialité. Rédaction et compréhension de textes en anglais de spécialité.

Compétences : Expression écrite et orale en anglais de spécialité, compréhension d’articles scientifiques, réalisation d’exposés, rédaction de rapports.


Responsable de l’UE : Vicki Fanney, 05 59 57 44 58,   vicki.fanney@univ-pau.fr