BIOLOGIE EXPERIMENTALE


Code Apogée : SPVBBE6U

ECTS : 4

Coefficient : 1

Cours : 12 h

Travaux Dirigés : 11 h 

Travaux Pratiques : 16 h

Modalités d’évaluation : 

  • Session 1 : Examen écrit et oral 100%
  • Session 2 : Examen oral

Objectif : Former les étudiants aux différentes phases de la démarche expérimentale : poser une question scientifique, établir un protocole approprié, exécuter les expérimentations, interpréter les résultats. Les étudiants doivent également assimiler les méthodes d’analyse de la variabilité génétique des génomes et de leur expression.
Contenu : Après avoir assimilé les consignes et les méthodes de travail, chaque étudiant doit identifier et expliciter une question de recherche, justifier l’intérêt de cette question en s’appuyant sur une étude bibliographique, puis mettre au point un protocole pour y répondre et en tester la faisabilité.
Rappels de génétique moléculaire : organisation et expression génique ; marqueurs moléculaires et leurs applications (diagnostic, génotypage, systématique, phylogénie, …).

Rappels de génétique des populations : Sélection, mutation, dérive génétique, migration, fréquence et richesse alléliques, hétérozygotie …

Dans la partie purement pratique, l’étudiant met en œuvre l’ensemble des méthodes permettant de révéler la biodiversité génétique d’une communauté et la structure génétique d’une population (en salle informatique).

Compétences : Maîtrise des différentes phases de la démarche expérimentale. Maîtriser les différents champs d’application des méthodes d’analyse de la diversité génétique.


Responsable de l’UE : Cédric Tentelier,   05 59 57 44 47,  cedric.tentelier@univ-pau.fr


Biblio-/Webo- graphie :

La métagénomique : développements et futures applications  . Versailles : Éd. Quae, impr. 2015, cop. 2015. 1 vol. (116 p.). ISBN 978-2-7592-2293-3

Hartl, Daniel L.  Génétique des populations  . Paris : Flammarion médecine-sciences, 1994. 1 vol. (XIV-305 p.). ISBN 2-257-15024-4

BIODIVERSITE BIOINDICATION


Code Apogée : SPVBBB6U

ECTS : 4

Coefficient : 1

Cours : 9 h

Travaux Dirigés : 9 h 

Travaux Pratiques : 21 h

Modalités d’évaluation : 

  • Session 1 : CC 30%, Examen écrit 70%
  • Session 2 : Examen oral

Objectif : Comprendre les formes de biodiversité et leurs méthodes respectives de quantification.
Contenu : 

  1. La diversité intraspécifique : génétique et phénotypique
  2. La diversité spécifique :

– alpha : richesse spécifique, régularité

– bêta : remplacement, emboîtement

  1. La diversité fonctionnelle :

– recouvrement de niches écologiques

– descriptions des réseaux trophiques

  1. Valeur indicatrice des espèces
  2. Les indices normalisés : l’IBGN

Compétences : Etre capable d’utiliser des méthodes de quantification de la biodiversité. Adopter un regard critique sur le choix des méthodes en fonction du type de biodiversité à étudier.


Responsable de l’UE : Cédric Tentelier,   05 59 57 44 47,  cedric.tentelier@univ-pau.fr


Biblio-/Webo- graphie :

Couvet, Denis ; Teyssèdre-Couvet, Anne.  Écologie et biodiversité : des populations aux socioécosystèmes  . Paris : Belin, DL 2010. 1 vol. (336 p.). ISBN 978-2-7011-5400-8

Dajoz, Roger.  Précis d’écologie  .  8e édition. Paris : Dunod, DL 2006, cop. 2006. 1 vol. (VII-631 p.). ISBN 2-10-049627-1

Ecological methodology, par C.J. Krebs

DIAGNOSTIC DES MILIEUX METHODES DE SUIVI


Code Apogée : SPVBDM6U

ECTS : 4

Coefficient : 1

Cours : 24 h

Travaux Dirigés : 4,5 h 

Travaux Pratiques : 10,5 h

Modalités d’évaluation : 

  • Session 1 : Examen écrit 100%
  • Session 2 : Examen oral 100%

Objectif : Savoir poser un diagnostic écologique basé sur la présence (ou l’absence) d’une ou plusieurs espèces. Estimer de façon relative ou absolue l’abondance d’une ou plusieurs populations et mettre en œuvre un protocole de suivi approprié .
Contenu : Caractérisation d’un milieu à partir de données de présence/absence d’espèces (détection/non-détection). Principes de caractérisation de l’état d’une population(abondance, occupation..) basé sur la théorie de l’échantillonnage : simple vs stratifié, aléatoire vs régulier, adaptatif… Index relatif, estimation d’abondance et probabilité de détection d’une ou plusieurs espèces. Estimation de l’occupation de l’espace par une espèce dans le cadre du diagnostic d’état de conservation ou distribution d’une ou plusieurs espèces. Application aux populations rares, endémiques ou fragmentées.

Compétences : Savoir réfléchir sur la pertinence d’un plan d’échantillonnage adapté à une ou plusieurs espèces pour poser un diagnostic écologique.Savoir utiliser des données de présence ou d’absence pour poser un diagnostic écologique.
Logiciels associés : PRESENCE (modèles simples à une espèce, une ou plusieurs saisons ; modèles de Royle ; modèles simples ou avec covariables d’échantillonnage et de sites… ) ; SURVIV (modèles de Farnsworth).


Responsable de l’UE : Frank D’Amico,   05 59 57 44 59,  frank.damico@univ-pau.fr


Biblio-/Webo- graphie :

– MacKenzie, Darryl I.  Occupancy estimation and modeling : inferring patterns and dynamics of species occurrence  . Burlington (Mass.) : Academic Press, cop. 2006. 1 vol. (XVIII-324 p.). ISBN 978-0-12-088766-8

– Kery, Marc ; Schaub, Michael.  Bayesian population analysis using WinBUGS : a hierarchical perspective  . Amsterdam : Academic Press, 2012. 1 vol. (xvii-535 p.). ISBN 978-0-12-387020-9

– Seber, George Arthur Frederick.  The estimation of animal abundance and related parameters  .  2nd edition. London : Edward Arnold, 1982. 1 vol. (XVII-654 p.). ISBN 0-85264-262-8

– Résiliences : sociétés et territoires face à l’incertitude, aux risques et aux catastrophes  . London : ISTE, cop. 2015. 1 vol. (226 p.). ISBN 978-1-78405-071-9

GESTION ECOLOGIQUE


Code Apogée : SPVBGE6U

ECTS : 4

Coefficient : 1

Cours : 16,5 h

Travaux Dirigés : 10,5 h 

Travaux Pratiques : 12 h

Modalités d’évaluation : 

  • Session 1 : CC 100%
  • Session 2 : Examen oral

Objectif : Acquérir les connaissances fondamentales et les compétences méthodologiques pour la mise en œuvre des savoirs et savoir faire en matière de gestion écologique.

Contenu : Analyse de la fragmentation paysagère : méthodologie du diagnostic environnemental. Méthodologie en matière de réintégration paysagère et analyse des modèles : modèles de restauration, de réhabilitation, de réaffectation. Mise en œuvre des plans de gestion afférents aux différents modèles sur les espaces « naturels » et anthropisés.

Compétences : Capacité à mettre en œuvre des diagnostics écosystémiques. Compréhension des modèles de réintégration paysagères. Mise en œuvre des modèles sur la base de l’élaboration des plans de gestion.


Responsable de l’UE : Serge Avignon,   serge.avignon3@orange.fr


Biblio-/Webo- graphie :

Ramade, François.  Éléments d’écologie : action de l’Homme sur la biosphère  .  7e édition. Paris : Dunod, impr. 2012, cop. 2012. 1 vol. (XXIV-791 p.-8 p. de pl.). ISBN 978-2-10-057981-5

Restaurer la nature pour atténuer les impacts du développement : analyse des mesures compensatoires pour la biodiversité  . Versailles : Éd. Quae, DL 2015, cop. 2015. 1 vol. (313 p.-VI p. de pl.). ISBN 978-2-7592-2290-2

PROJET TUTEURE


Code Apogée : SPVBPT6U

ECTS : 6

Coefficient : 1,5

Cours : 0 h

Travaux Dirigés : 150 h (en groupe, tuteuré) 

Travaux Pratiques : 0 h

Modalités d’évaluation : 

  • Session 1 : Ecrit 33%, Soutenance 67%
  • Session 2 : Ecrit 33%, Soutenance 67%

 


Objectif : Prise en charge d’une problématique et organisation du travail en équipe pour la résolution de cette thématique.
Contenu : Des projets à réaliser en groupe sont proposés par des acteurs locaux aux étudiants dès la rentrée et jusqu’à la mi octobre. Les étudiants font leur choix puis élaborent un cahier des charges décrivant précisément le calendrier prévisionnel des tâches à accomplir pour atteindre leur objectif. Ils démarrent leurs travaux après approbation de leur tuteur (fin octobre-début novembre), qui assurera leur suivi jusqu’aux épreuves finales. Les étudiants sont évalués par la remise d’un rapport scientifique et la soutenance orale des travaux réalisés devant jury.

Compétences : Mise en œuvre des compétences acquises pour résoudre une problématique issue du contexte professionnel, travail en équipe, planification des tâches à accomplir, évaluation de l’avancée des travaux, établissement de relations avec les acteurs locaux, élaboration d’un rapport scientifique, communication de résultats scientifiques.


Responsable de l’UE : Yann Lalanne,   05 59 57 44 59,  yann.lalanne@univ-pau.fr


Exemples de projets tuteurés

STAGE PROFESSIONNEL


Code Apogée : SPVBSP6U

ECTS : 8

Coefficient : 2

Cours : 0 h

Travaux Dirigés : 0 h 

Travaux Pratiques : 16 à 24 semaines

Modalités d’évaluation : 

  • Session 1 : Ecrit 33%, Soutenance 67%
  • Session 2 : Ecrit 33%, Soutenance 67%

 


Objectif : Recherche d’une entreprise d’accueil (en France, ou à l’étranger), immersion dans le monde professionnel, établissement des premiers contacts professionnels.
Contenu : Le stage s’effectue de début mars à fin juin (16 semaines minimum), et peut s’étaler jusqu’à la fin août (24 semaines); Il peut être réalisé en France ou à l’étranger, dans une structure d’accueil privée, publique ou parapublique avec laquelle une convention de stage est signée :

http://ve.univ-pau.fr/live/stages_en_entreprises

L’étudiant est mis en situation de recherche d’emploi : il effectue l’ensemble des démarches, depuis la recherche de l’entreprise d’accueil, jusqu’à la signature de la convention. L’étudiant est évalué au cours de son stage par le professionnel qui l’encadre, et au final, par la remise d’un rapport scientifique et la soutenance orale des travaux réalisés devant jury.

Compétences : Mise en application de l’ensemble des compétences acquises, acquisition de nouvelles compétences professionnelles, travail en équipe, établissement de relations avec les acteurs locaux, élaboration d’un rapport scientifique, communication de résultats scientifiques.


Responsable de l’UE : Jean-Claude Salvado,   05 59 57 44 59,  jean-claude.salvado@univ-pau.fr


Exemples de stages professionnels